Struktur organisasi Sekretariat Daerah Kabupaten Cirebon, sebagaimana diatur dalam Peraturan Bupati (Perbup) Nomor 128 Tahun 2023 yang ditandatangani pada 14 Desember 2023 oleh Bupati Imron, mencerminkan kerangka kerja yang terorganisasi untuk mendukung pelaksanaan tugas pemerintahan daerah. Pada puncaknya, Sekretariat Daerah dipimpin langsung oleh Sekretaris Daerah, yang berperan sebagai koordinator utama dalam mengarahkan berbagai asisten dan bagian di bawahnya. Struktur ini dirancang untuk memastikan efisiensi dan efektivitas dalam pelayanan publik serta pengelolaan administrasi pemerintahan Kabupaten Cirebon.

Struktur organisasi tersebut terbagi menjadi tiga asisten utama yang masing-masing mengawasi sejumlah bagian sesuai dengan fungsinya. Asisten Pemerintahan dan Kesejahteraan Rakyat mengkoordinasikan Bagian Pemerintahan dan Bagian Kesejahteraan Rakyat, yang fokus pada pengelolaan urusan pemerintahan serta peningkatan kesejahteraan masyarakat. Asisten Perekonomian dan Pembangunan mengawasi Bagian Perencanaan Pembangunan dan Bagian Administrasi Pembangunan, yang bertugas merumuskan kebijakan ekonomi serta mengelola proyek-proyek pembangunan daerah. Sementara itu, Asisten Administrasi Umum mengendalikan Bagian Umum, Bagian Organisasi, Bagian Protokol dan Komunikasi, serta Bagian Hukum, yang menangani aspek administratif, organisasi, hubungan publik, dan hukum.

Di bawah setiap asisten, terdapat subdivisi yang lebih spesifik untuk mendukung pelaksanaan tugas, seperti Subbagian Tata Usaha dan Kepagawaian di bawah Bagian Umum, atau Subbagian Penyusunan dan Pengolahan Data di bawah Bagian Organisasi. Struktur ini juga mencakup kelompok jabatan fungsional yang mendukung operasional teknis, seperti pengelolaan barang dan jasa serta advokasi pengadaan. Dengan organisasi yang terstruktur rapi ini, Sekretariat Daerah Kabupaten Cirebon mampu menjalankan tugas-tugasnya secara terpadu, sesuai dengan visi pembangunan daerah yang inklusif dan berkelanjutan.