Fungsi Bagian Pemerintahan mencakup penyiapan bahan koordinasi perumusan kebijakan di bidang pemerintahan, termasuk otonomi desa dan kecamatan, penyiapan bahan koordinasi pelaksanaan tugas perangkat daerah di sektor pemerintahan, serta penyiapan bahan pemantauan dan evaluasi kebijakan untuk mengidentifikasi dampak, tantangan, dan faktor pendukung pencapaian tujuan pembangunan daerah. Dalam struktur organisasinya, Bagian Pemerintahan dibagi menjadi subbagian-subagian seperti Subbagian Pemerintahan Umum yang menangani administrasi umum dan hubungan antarinstansi, serta Subbagian Otonomi Daerah yang fokus pada pengawasan dan pemberdayaan desa serta kecamatan. Melalui pelaksanaan tugas dan fungsi ini, Bagian Pemerintahan berkontribusi dalam mewujudkan pemerintahan yang efektif, transparan, dan akuntabel di Kabupaten Cirebon, sesuai dengan prinsip otonomi daerah sebagaimana diatur dalam undang-undang terkait.